奘師在法會圓滿後,面對堆積如山的供養,只拿了一半作為供養佛的香油錢,另一半就轉贈涼州各寺廟。
正要整束行裝準備離開時,卻因唐室初建,國政新創,不許百姓隨便出境而受阻。那時涼州都督李大亮奉命守關,他得知奘師準備離境,怕有差錯吃罪不起,便追問奘師出關緣由。奘師坦言要西遊取經,但誰知未能獲李都督首肯,還被迫返回長安。幸好當地有一位佛教領袖慧威法師,他很恭敬奘師的辭理通達,更佩服他西行求法的大願,便暗中派了兩名心腹弟子,一個叫慧琳,一個叫道整,暗中護送奘師偷渡出關。他們不敢公然行走,只能晝伏夜行,走了十幾天,終於到達瓜州(今甘肅安西)。
瓜州刺史獨孤達,是一個虔誠的佛教徒,一聽說奘師來到,非常歡喜,供養優渥。奘師向其諮問前往西域的路線情形,他詳細的解釋說:「由這裡向北走約五十餘里,就到瓠盧河,上窄下寬,水流湍急,深不可測。河岸設有玉門關,是必經之路,也是通往西域的咽喉,可是奘師你沒有通關的度牒,只怕出不了關。即使僥倖混出關了,沿途還有五座烽火臺,各相距一百里,監視著往來行人;其間盡是沙漠,連水草也沒有,要通過也不容易。等過了這五座烽火台,再穿過八百里流沙的莫賀延磧,才會到達伊吾國境。」獨孤達說完以後,還勸奘師先不必著急,可先在瓜州停留,等待機會。
奘師打聽出玉門關的情形以後,甚感憂慮,心想此去前途艱難,不知如何是好。不過,他仍然不失望,心想:「就再多等幾天吧!也許會有奇蹟出現。」
結果這一等就是一個多月,連從長安一路上陪奘師著受苦受難的驢子,也在這段時間內因病死了,這使奘師不禁感到悲傷萬分。
正在無計可施的時候,涼州的訪牒又來了,說明捉拿意圖西遊的僧人,命今沿途各州縣嚴密查訪,務必解送京師。幸好州史李昌,也是一位崇信三寶的居士,他接到這件公文,馬上懷疑指名捉拿的人就是奘師,立刻秘密帶著公文前去拜訪奘師。李昌聽完奘師西行求法的宏願以後,感到非常欽佩和同情,就當著奘師的面將公文撕毀,並一再叮嚀他及早離開,以免節外生枝。